Microsoft powerpoint - 3dg2

1. JMOL shows initially generated structure. You can have better structure by clicking “Minimize Molecules”. But it requires your patient to see the re 2. “Save file” saves initially generated structure in mol2 format. To save minimized structure, “Show->Extract MOL data” option in JMOL. 1 3D structures without any spoiled fragments 2 which has all correct chiral centers3 Chirality error among plausible 3D structures generated4 after geometry optimization using MM2 force field (Chemscript module) C[C@@]1(O)C[C@@]23C[C@@H](O)[C@]4(O)[C@H](C[C@@H](O)C4(C)C)[C@](C)(O)[C@H]2CC[C@H]1[C@H]3O GrayanotoxinIII CC(=C)[C@H]1O[C@H]2CC[C@@]3(C)[C@@](O)(CC[C@H]4[C@H]5OC(C)(C)[C@@H]6C[C@@H]7C(=C)Cc8c(Cl)cc9[nH]c(c5c9c8[C@@]67O)[C@]34C)[C@]32O[C@@H]3[C@@H]1O PenitremA C[C@]1(CO)[C@H](O)CC[C@]2(C)[C@H]1CC[C@@H]1C[C@@H]3C[C@]21CC[C@]3(O)CO Aphidicolin COc1ccc(cc1OC)C(=O)O[C@@H]1CC[C@]2(C)[C@H]3CC[C@H]4[C@@]5(O)C[C@@H](O)[C@]6(O)[C@@H](CN7C[C@H](C)CC[C@H]7[C@@]6(C)O)[C@@]5(O)C[C@@]24O[C@]13O VERATRIDINE C[C@@H]1CCC[C@H](O)C=CC(=O)O[C@]23[C@@H](C=CC1)[C@@H](O)C(=C)[C@@H](C)[C@H]2[C@@H](Cc1ccccc1)NC3=O cytochalasinD CC[C@]1(O)C[C@@H]2CN(CCc3c([nH]c4ccccc34)[C@@](C2)(C(=O)OC)c2cc3c(cc2OC)N(C)[C@@H]2[C@](O)([C@H](C(=O)OC)[C@@]4(CC)C=CCN5CC[C@@]32[C@@H]45)C(=O)OC)C1 vinblastine CC(C)[C@@]1(O)[C@@H](OC(=O)c2ccc[nH]2)[C@@]2(O)[C@@]3(C)C[C@@]4(O)O[C@]5([C@@H](O)[C@H](C)CC[C@]35O)[C@]2(O)[C@@]14C RYANODINE C1CCC(CC1)\N=C(/[NH+]C1C2CC3CC(C2)CC1C3)N1CCOCC1 U-37883A CCN1C[C@@]2(COC)[C@H](O)C[C@H](OC)[C@]34[C@@H]5C[C@@]6(O)[C@@H](OC)[C@@H](O)[C@@](OC(=O)C)([C@@H]5[C@H]6OC(=O)c5ccccc5)[C@@H]([C@@H](OC)[C@H]23)[C@@H]14 aconitine CC[C@@]12CCCN3CCc4c([C@H]13)n(c1ccccc41)[C@@](O)(C2)C(=O)OC vincamine Oc1ccc2C[C@@H]3N(CC[C@]45[C@@H](Oc1c24)C(=O)CC[C@@]35O)CC=C naloxone COc1ccc2C[C@H]3[C@H]4CCCC[C@]4(CCN3C)c2c1 dextromethorphan CC(C)CC(=O)O[C@H]1[C@H](O[C@@H]2C[C@@H]([C@H]3CC[C@]45C[C@H](CC[C@@H]4[C@@]3(C)C2)C(=C)[C@H]5O)C(=O)O)O[C@H](CO)[C@H](OS(=O)(=O)[O-])[C@H]1OS(=O)(=O)[O-] atractyloside O[C@H]1CC[C@]2(O)[C@H]3Cc4ccc(O)c5O[C@H]1[C@@]2(CCN3CC1CCC1)c45 nalbuphine CC[C@@]12CCCN3CCc4c([C@H]13)n(C(=O)C2)c1ccccc41 eburnamonine CO[C@@H]1C[C@H](O[C@H](C)[C@@H]1O)O[C@@H]1[C@@H](C)C=CC=C2CO[C@H]3CC(=C[CH](C(=O)O[CH]4C[C@@H](CC=C1C)O[C]1(CC[CH](C)[C@@H](O1)C1CCCCC1)C4)[C]23O)C selamectin O=C1C[C@@H]2OCC=C3CN4CC[C@]56[C@@H]4C[C@H]3[C@H]2[C@@H]5N1c1ccccc61 strychnine Oc1ccc2C[C@@H]3N(CC[C@]45[C@@H](Oc1c24)C(=O)CC[C@@]35O)CC1CC1 naltrexone CC[C@H]1[C@@H](O)N2[C@H]3C[C@H]1[C@H]1[C@H](O)[C@@]4(C[C@H]21)[C@@H]3N(C)c1ccccc41 ajmaline COc1ccc2CN(C)CC[C@]34C=C[C@@H](O)C[C@H]3Oc1c24 galanthamine CC(=C)[C@@H]1[C@H]2OC(=O)[C@@H]1[C@]1(O)C[C@@H]3O[C@@]43C(=O)O[C@@H]2[C@]14C picrotoxinin C[C@H]1CC[C@@H]2[C@H](C)C(=O)O[C@@H]3O[C@]4(C)CC[C@@H]1[C@]23OO4 artemisinin CC[C@H](C)[C@H]1O[C@@]2(C[C@H]3C[C@@H](CC=C(C)[C@H](O[C@H]4C[C@@H](OC)[C@@H](O[C@@H]5C[C@@H](OC)[C@@H](O)[C@@H](C)O5)[C@@H](C)O4)[C@@H](C)C=CC=C4CO[C@H]5[C@@H](O)C(=C[CH](C(=O)O3)[C]45O)C)O2)C=C[C@@H]1C avermectinB1 COC1=C[C@H](C)[C@@H]2C[C@H]3OC(=O)C[C@H]4C(=C(OC)C(=O)[CH]([C]34C)[C@@]2(C)C1=O)C quassin CC[C@H](C)C(=O)O[C@@H]1[C@H](O)[C@H]2[C@H](CN3C[C@H](C)CC[C@@H]3[C@]2(C)O)[C@H]2C[C@]34O[C@@]5(O)[C@H](CC[C@@]3(C)[C@H]5[C@@H](OC(=O)C)[C@@H](OC(=O)C)[C@H]4[C@@]12O)OC(=O)[C@@](C)(O)[C@@H](C)O protoveratrineB CC(C)(O)[C@H]1[C@H]2OC(=O)[C@@H]1[C@]1(O)C[C@@H]3O[C@@]43C(=O)O[C@@H]2[C@]14C picrotin CC[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]1[C@H](O)[C@H]2[C@H](CN3C[C@H](C)CC[C@@H]3[C@]2(C)O)[C@H]2C[C@]34O[C@@] C\C=C(/C)C(=O)O[C@@H]1CC[C@]2(C)[C@H]3CC[C@H]4[C@@]5(O)C[C@@H](O)[C@]6(O)[C@@H](CN7C[C@H](C)CC[C@@H]7[C@@]6(C)O)[C@@]5(O)C[C@@]24O[C@]13O veratrine COC(=O)[C@]1(O)OC[C@]23[C@@H](C[C@H](OC(=O)C)[C@]4(CO[C@@H]([C@H](O)[C@@](C)([C@@H]12)[C@@]12O[C@]1(C)[C@H]1C[C@@H]2O[C@@H]2OC=C[C@@]12O)[C@H]34)C(=O)OC)OC(=O)/C(=C/C)C azadirachtin C[C@@H]1C(=O)O[C@@H]2CCN3CC=C(COC(=O)[C@@](C)(O)[C@]1(C)O)[C@H]23 monocrotaline CO[C@@]12CC[C@]3(C[C@@H]1[C@](C)(O)C(C)(C)C)[C@@H]1Cc4ccc(O)c5O[C@@H]2[C@@]3(CCN1CC1CC1)c45 buprenorphine COc1ccc2C[C@@H]3[C@H]4C=C[C@H](O)[C@@H]5Oc1c2[C@]45CCN3C codeine CN1CC[C@]23[C@H]4CCC(=O)[C@@H]2Oc2c(O)ccc(C[C@@H]14)c32 hydromorphone CN1CC[C@]23[C@@H]4Oc5c(O)ccc(C[C@@H]1[C@H]2C=C[C@@H]4O)c35 morphine C\C(=C/CC[C]1(C)Oc2c(C\C=C(/C)C)c3O[C]45[CH]6C[C@H](C=C4C(=O)c3c(O)c2C=C1)C(=O)[C]5(C\C=C(/C)C(=O)O)OC6(C)C)C gambogicacid CC(=O)O[C@@H]1C[C@@H]2C(C)(C)C(=O)C=C[C@]2(C)[C@@H]2CC[C@@]3(C)[C@@H](OC(=O)[C@H]4O[C@@]34[C@]12C)c1ccoc1 gedunin CCC1=C[C@@H]2CN(C1)Cc1c([nH]c3ccccc13)[C@@](C2)(C(=O)OC)c1cc2c(cc1OC)N(C)[C@@H]1[C@@](O)([C@@H](OC(=O)C)[C@@]3(CC)C=CCN4CC[C@@]21[C@@H]34)C(=O)OC vinorelbine Oc1ccc2C[C@H]3N(CC[C@@]4(CCCC[C@@]34O)c2c1)CC1CCC1 butorphanol C[C@]12CCc3occc3[C@H]1CC[C@@]13C[C@H](CC[C@H]21)[C@@](O)(CO)C3 cafestol CC(C)c1cc2[C@@H]3C[C@H]4C(C)(C)CCC[C@]4(C(=O)O3)c2c(O)c1O carnosol C[C@@H]1CCC[C@H](O)C=CC(=O)O[C@]23[C@H]([C@@H](C)C(=C)C(=O)[C@@H]2C=CC1)[C@H](Cc1ccccc1)NC3=O cytochalasina C[C@@H]1CC=C[C@@H]2[C@H]3O[C@@]3(C)[C@@H](C)[C@H]3[C@@H](Cc4ccccc4)NC(=O)[C@]23OC(=O)OC=C[C@](C)(O)C1=O cytochalasine CN1C(=O)[C@@]23CC4=CC=C[C@H](O)[C@@H]4N2C(=O)[C@@]1(CO)SS3 gliotoxin COC(=O)C[C@@](O)(CCC(C)(C)O)C(=O)O[C@@H]1[C@H]2c3cc4OCOc4cc3CCN3CCC[C@]23C=C1OC harringtonine COC(=O)C[C@@](O)(CCCC(C)(C)O)C(=O)O[C@@H]1[C@H]2c3cc4OCOc4cc3CCN3CCC[C@]23C=C1OC homoharringtonine C[C@@H]1C[C@@H]2[C@H]([C@@H]3C=C(CO)[C@H](O)[C@]4(O)[C@@H](O)C(=C[C]14C3=O)C)C2(C)C ingenol CC1(C)CC[C@@H](O)[C@]2(CO)[C@@H]1C[C@@H](O)[C@]13[C@H](O)[C@@H](CC[C@@H]21)C(=C)C3=O kamebakaurin CCN1C[C@]2(CC[C@@H](OC)[C@]34[C@H]2C[C@H]([C@@H]13)[C@@]1(O)C[C@@H](OC)[C@H]2C[C@@H]4[C@@]1(O)[C@@H]2OC O[C@H]1C=C2CCN3Cc4cc5OCOc5cc4[C@H]([C@H]1O)[C@@H]23 lycorine CCN1C[C@@]2(CC[C@H](OC)[C@@]34[C@H]5C[C@H]6[C@@H](C[C@](O)([C@H]5[C@@H]6OC)[C@@](O)([C@@H](OC)[C@H]23)[C@@H]14)OC)OC(=O)c1ccccc1N1C(=O)C[C@@H](C)C1=O methyllylcaconitine C[C@@H]1[C@@H](OC(=O)/C=C\C=C/c2ccccc2)[C@]2(O[C@@]3(O[C@H]2[C@H]2[C@@H]4O[C@@]4(CO)[C@H](O)[C@]4(O)[C@H](C=C(C)C4=O)[C@@]12O3)c1ccccc1)C(=C)C mezerein C[C@@H]1[C@@H](OC(=O)/C=C\c2ccccc2)[C@]2(O[C@@]3(O[C@H]2[C@H]2[C@@H]4O[C@@]4(CO)[C@H](O)[C@]4(O)[C@H](C=C(C)C4=O)[C@@]12O3)c1ccccc1)C(=C)C thymeleatoxin C[C@H]1C[C@@]2(O[C@@]3(Cc4ccccc4)O[C@@H]2[C@H]2C=C(COC(=O)Cc4ccc(O)cc4)C[C@@]4(O)[C@@H](C=C(C)C4=O)[C@@]12O3)C(=C)C tinyatoxin CC(C)[C@@]12O[C@@H]1[C@@H]1O[C@@]31[C@]1(C)CCC4=C(COC4=O)[C@@H]1C[C@H]1O[C@@]31[C@H]2O triptolide COc1ccc2[C@H]3[C@@H](O)[C@]4(O)N([C@H]5CC(C)(C)OO[C@H](\C=C(/C)C)N([C@@H]35)c2c1)C(=O)[C@H]1CCCN1C4=O verruculogen CC[C@]1(O)C[C@@H]2CN(CCc3c([nH]c4ccccc34)[C@@](C2)(CC(=O)OC)c2cc3c(cc2OC)N(C=O)[C@@H]2[C@@](O)([C@H](OC(=O)C)[C@@]4(CC)C=CCN5CC[C@@]32[C@@H]45)C(=O)OC)C1 vincristine CC[C@]1(O)C[C@@H]2CN(CCc3c([nH]c4ccccc34)[C@@](C2)(CC(=O)OC)c2cc3c(cc2OC)N(C)[C@@H]2[C@@](O)([C@H](O)[C@@]4(CC)C=CCN5CC[C@@]32[C@@H]45)C(=O)N)C1 vindesine CCOC(=O)C1=C[C@]2(CC)CCCN3CCc4c([C@@H]23)n1c1ccccc41 vinpocetine C1CCC[C@H]2CCCN3CC[C@@H](CCCCCC[C@H]4CCCN5CC[C@@H](CC1)O[C@H]45)O[C@H]23 xestosponginc O[C@]12CCCCCC[C@@H]3CCN4CCC[C@@H](CCCCCC[C@H]5CCN(CCC1)[C@@H]2O5)[C@H]4O3 xestospongind

Source: http://ebio.ssu.ac.kr/3DG/3DG_result/PR_1.pdf